Avec les logiciels de navigation il est possible d'utiliser le port série d'un ordinateur pour afficher la position donnée par un GPS ou par une antenne GPS ayant un protocole de communication NMEA0183. De plus, il est possible de se servir de l'ordinateur pour entrer les waypoints et les routes à suivre. L'ordinateur peut même envoyer ces informations à l'autopilot pour qu'il maintienne un cap ou qu'il suive une route. 

Il est à noter que les ordinateurs ne sont pas aussi fiables que les unités conçues spécifiquement pour la navigation. Cependant certains ordinateurs sont plus résistants aux chocs et aux intempéries, mais leur prix est plus élevé.